Für die Nutzung der Bibliothek sind eine Reihe von Katalogen erstellt worden:

• Der von Scheele erstellte „Catalogus unter meiner eignen hand“, den Scheele in seinem Testament von 1672 und in der Stiftungsurkunde von 1693 erwähnt, ist leider nicht erhalten.
• Von 1715 stammt der „Catalogus Bibliothecae Schelianae“, ein alphabetisch geordneter Bandkatalog.
• 1720 wurde dieser Katalog von dem Vorgänger abgeschrieben und um Nachträge bis 1726 erweitert.
• 1757 wurde ein dreibändiger Bandkatalog erstellt (Band 1 und 2 alphabethisch, Band 3 systematisch geordnet).
• Siebzig Jahre später, ab 1830, erfasste ein dreibändiger Bandkatalog, der sich im Aufbau an den Katalog von 1757 anlehnte, die Bestände, zu denen jetzt auch die „Bibliothek einer christlichen Lesegesellschaft, welche in den Jahren 1838–1842 an die hiesige Predigerbibliothek gekommen ist“ dazukam.
• 1892 folgte der systematische „Katalog der Predigerbibliothek zu Preetz“ als handschriftlicher Bandkatalog in 4 Bänden. Ein Zettelkatalog wurde ab 1890 angelegt. Hierzu liegt eine 1892 vom Klosterprediger Rendtorff verfasste „Anweisung für die Verzettelung der Bücher der Preetzer-Predigerbibliothek auf Grund des vorhandenen systematischen Katalogs“ vor.
• Ab 1970 wurden ein Alphabetischer und ein Standortkatalog in Zettelform angelegt. Beide konnten leider nicht ganz abgeschlossen werden.