Der Bücherbestand hatte unter Temperaturschwankungen, zu hoher Luftfeuchtigkeit und Schädlingsbefall erheblich gelitten. Bereits in den zurückliegenden Jahren war es dank der Unterstützung durch die Koordinierungsstelle für die Erhaltung des schriftlichen Kulturguts (KEK) an der Staatsbibliothek zu Berlin – Preußischer Kulturbesitz und der Hilfe privater Spender gelungen, besonders wertvolle und gefährdete Werke restaurieren zu lassen (siehe „Bereits restaurierte Bücher“). Aber erst durch die Bereitstellung von Mitteln aus dem von der Beauftragten der Bundesregierung für Kultur und Medien (BKM) aufgelegten Sonderprogramm zur Erhaltung des schriftlichen Kulturguts wurde es möglich, vom Zentrum für Bucherhaltung in Leipzig eine Schadensanalyse des gesamten Buchbestands vorzunehmen und die Schäden beheben zu lassen. Das BKM-Sonderprogramm unterstützt Projekte für die Erhaltung national wertvollen schriftlichen Kulturguts, das aus wissenschaftlicher oder historischer Sicht von überregionaler Bedeutung ist.
Im Mai und Juni 2020 wurden die Bücher ausgehoben und in das Zentrum für Bucherhaltung in Leipzig transportiert. Alle Bände wiesen starke Staubablagerungen auf, die mit Objektsaugern und speziellen Schwämmen gereinigt wurden. Verschimmelte oder durch starken Wurmfraß geschädigte Bände wurden Blatt für Blatt gereinigt. Alle Bände wurden auf Schäden geprüft und in vier Schadenskategorien eingeteilt, die von Schadensklasse Null: keine Schädigungen bis Schadensklasse 3 reichen: starke Schädigung, die ohne restauratorische Maßnahmen zu Substanzverlust führen müßte.
Die häufigsten Schäden an den Einbänden waren gelöste Spiegel oder Titelschilde, Einbände, die sich vom Buchblock gelöst haben, und beschädigtes Bezugsmaterial. Bei den Buchblöcken zeigten sich leichter, mittlerer oder starker Wurmfraß, Silberfisch- und Tierfraß, Schimmel, Wasserschäden, Papierabbau.
Insgesamt zeigte sich bei der Prüfung aller Bände, dass sich der Bestand in einem besseren Zustand befindet, als befürchtet worden war. Nur etwa 5% der Bände waren so stark geschädigt, dass weiterführende restauratorische Maßnahmen notwendig wurden. Bände der Schadensklassen 2 oder 3, die ohne restauratorische Maßnahmen nicht ohne Gefährdung weiterer Schädigungen genutzt werden können, wurden sorgfältig bearbeitet. Hier handelt es sich hautptsächlich um Schädigungen der Einbände und Schimmel und Fraßschäden im Buchblock. Lediglich 57 Bände wiesen massive Schädigungen auch im Buchblock selbst auf, die auf Schimmelbefall in Folge der stark erhöhten Luftfeuchtigkeit oder feuchten Wände oder auf massive Insektenfraßschädigungen zurückzuführen sind.
Bände, die so massiv geschädigt waren, dass eine Restaurierung nicht mehr angemessen erschien, wurden nur konservatorisch behandelt und erhielten eine Schutzverpackung.
In Zuge der lückenlosen Erfassung aller Bände wurden die Teile des Bestandes ausgesondert, die nach 1850 entstanden sind und Säureschäden aufweisen. Diese Bände wurden einer nichtwässrigen Entsäuerung unterzogen. Hierbei werden Alkalien in das Papier eingebracht, die die natürliche Alterung verlangsamen sollen.
Die Restaurierungsmaßnahmen dauerten bis Ende 2023 an. Im März 2024 wurde der gesamte Bestand, der zu großen Teilen bereits transportsicher verpackt in Leipzig gelagert war, zurück nach Preetz gebracht und in die ertüchtigten Regale der sanierten Räume der Predigerbibliothek eingestellt.
